至此，古巴导弹危机开始向高潮阶段发展。
古巴导弹危机缘起的政治与战略背景与古巴革命和古美关系密切关联，也与美苏冷战对抗密切关联。1959年1月古巴革命成功后，反美亲苏的卡斯特罗政府上台，古美关系日趋紧张，苏联乘机谋求在美古之间打进楔子，通过支持古巴在加勒比海获得战略立足点，加强对美战略地位。为此，从1960年开始，苏联不但逐渐增加了对古巴的经济、政治与军事援助，还决定向古巴运送中程导弹，在古巴建立针对美国的战略基地。
1962年7月2日，古巴武装部队部长卡斯特罗访问苏联。在他访问期间，苏、古达成了一项秘密协议：苏联将在当年秋季，在古巴秘密部署核导弹。具体计划分两步走，第一步是向古巴运送萨姆防空导弹和米格—21战斗机等防御性武器。第二步是待地对空导弹部署到位，再向古巴运送中程导弹和能够运载核弹的伊柳辛—28中程喷气式飞机等进攻性武器。苏联的意图是，通过在古巴建立中程导弹基地，加强对美国的战略威慑，抵消美国在欧洲、土耳其等地对苏联的威慑。苏联部长会议主席赫鲁晓夫还武断地认为，一旦苏联在古巴建立的中程导弹基地成军，美国将无可奈何，只能承认既成事实。