不过既然讲到了卫所军队，那接下来就看看诸王到底拥有多大的军事权力。的确，各地藩王都有直属于自己的军队，但是诸王能够调动这些护卫兵，皇帝也能调动，并且皇帝拥有的是最高权限。朱元璋在位期间就曾多次越过各地藩王直接调动他们的护卫兵到其他地方参与作战。洪武二十八年（公元1395年）三月，朱元璋便曾颁布诏令“敕总兵官周兴，令都督佥事宋晟领辽王府中护卫、都督刘真领宁王府中卫，指挥庄德领三万卫军马，征剿野人”，而辽王和宁王两位王爷并没有参与此次征剿。此外，建文帝在位时期为了对付自己的四叔燕王朱棣，也曾采用这一招数，建文帝命令都督宋忠征调军队屯聚在开平卫，而这些被抽调的军队大多是燕王府护卫中的精兵强将，又将燕王麾下的护卫胡骑指挥关童等入京，以此来削弱燕王朱棣，这样一来燕王朱棣的护卫军们一夕之间被抽调一空，只剩下了八百亲卫，这就是为什么朱棣刚刚起兵的时候，势力如此单薄。
还有关于卫所军队的调动，固然没有诸王的旨意驻扎在其封地的卫所军队不能随意调动，但是诸王旨意起作用的前提条件是要有皇帝颁布下来的诏书，这就意味着如果没有皇帝颁布的诏书，仅仅依靠诸王的旨意来调动卫所军队也是不可能的，即“有王令旨而无朝命，亦不擅发”。除此之外，驻扎在诸王封国之内的卫所军队还有一个作用就是钳制诸王，固然诸王的护卫军比任何一个卫所的军队都要多，但是在诸王的封国内并不是只有一个卫所，而是有着众多的卫所，这些卫所的军队加起来足可以取得对诸王军队的绝对优势，这也是朱元璋亲口承认的，即“王府置护卫，又设都司，正为彼此防闲”，就算皇子们野心作祟，手里区区数千到数万不等的军队也根本无力抗衡中央军。